みなさんありがとうございます。
「LaTeXのマクロやスタイルファイルの利用」というのを見つけました。
ttp://www.cs.kyoto-wu.ac.jp/~konami/documents/tex.html
ざっと見た所、自分のやりたいことはこれを参照することで実現できそうです。

>>529
うちの分野はホントに LaTeX 使いがいません。みんな Word。
私は今まで Editor + EndNote の環境で書いた物を Word に流し込んで体裁を整え、
その後で出力ということをやっていたのですが、さすがにバカバカしくなってきて・・・。

>>530
すいません。まだ書き上げた物を直接投稿できる立場にありません。
ボスに見てもらうのを査読と表現してしまいました。

>>531
BibTeX に乗り換えたいのですが、ちょっと使い方がまだ理解し切れません。
少し見てみたのですが、BibTeX って著者名の表記を投稿先にあわせて変えられますか？
たとえば、James D. Watson >> JD Watson >> Watson, J. D. といった変更です。
文献管理ソフトとしては当然できそうなんですが、設定が分かりませんでした。