えーと、原因の一端を担ってしまってすみません。

拡張パックの新しいのｷﾃﾀｰ!
◆707R/9sB0.さんｵｦﾂ

で、"レスポップアップのなか"のスマートポップアップが
ポインタが通過しないと消えない(>>146と同じ理由)ってのがあるみたいです。
showthreadpc_class.incの342行目

それと、js/htmlpopup.jsの85行目
var yokohaba = body.clientWidth - node_div.style.pixelLeft - 20; //微調整付
なんですが、期待されている動作は
var yokohaba = body.clientWidth - ( gX + x_adjust ) - 20; //微調整付
なのではないかと。ブラウザによって動作違うのかな?
知識がないところでのクイックハックですが...