>>742
4.0Proだけどしっかり保存されてます。
>Options→Values&Tools→Other
これはチャプタファイルの保存先の指定。
指定しないときはビデオファイルと同じディレクトリに作成される。
取り合えず実際にどうなるか試してみたら。

他には、設定を保存する時に「Manual Save」を明示的に押してみるとか、
一度ZPの設定を保存して、ZPと同一ディレクトリにある「DefaultSettings.exe」
で設定をクリアしてみるとか。