このスレで情報を集めてみました．

2.9→3.0
DVD再生用のモードがSTD版では使えなくなった
3.0→3.1
再生メディアのフィルタ構成をユーザ側でよりコントロールしやすくした
不完全なAVIファイルの再生、QuickTimeのサポート
3.1→3.2
ファイルナビゲータ機能がPro専用になった
再生速度を変えると音声が鳴らない仕様になったみたい

今後もフリーのstd版は機能が縮小していくらしいので3.1がよさそうかなと思ったわけです．
Proを使用している方は最新版が最良かと思われます．

個人的にはデフォルトのスキンが3.1→3.2になってちょっと使いづらくなった．
（フルスクリーンのボタンが一番左にあったのが，機能追加によって左から3番目になってしまったので）