初心者です、どなたか教えてください。

無料版のTMPGEncを使ってmpegをwavに変換していたのですが、
いくつか「開けないかサポートしていません」というエラーが出て
TMPGEncで開けない物があるのですが、
同じmpegなはずなのにどうしてでしょうか？
何か解決方法はありますか？
よろしくお願い致します！