WMPで問題なく再生されるのですが、
TMPGEncにてビデオCDにエンコしようと思ってドラッグ＆ドロップしたら、
音声ソースの欄が空白になってしまいます。

真空波動研で調べたら、

640x480 24Bit DivX 5.x(不明DivX503b1031) 29.97fps 35964f MPEG1-LayerIII 48.00kHz Stereo 128kbps

と、出ました。
なにが足りないのでしょうか？