プログラムは物件なんだろうけど、商用ソフトウェアは、所有権がメーカーの方にある。
で、購入しているのはあくまでそれを「(通常の契約では) 1台のコンピュータで使用する権利」
のみ。

所有権がユーザに移っていないのがミソかと。
お互いに合意したEULAに基づく使用権の付与が全てで、
しかも大抵のEULAでは、メーカー側からそれを一方的に剥奪できるオプションもある。

フェアじゃない契約なのは確かだけど、これが有効である限りは
VLモノは非合法だと思うが…

経産省よりも、このへん (EULA とか VL再販とか) について争われた裁判の判例があれば。