PDのスレなのでPDでするのなら、>>455です。
デフラグに関して言うのなら、
MSが薦めるように、セーフモードで立ち上げて、
常駐やサービスなどのいらないものが動いていない状態でのデフラグです。
OSが何かわからないので的確なアドバイスができませんが、
XPなら速度はそんなに気にならないかも。
9x/MEでしたら間に勉強すると良いかもです。

*デフラグの前にディスクスキャンをしておくと、
デフラグ中に破損にぶつかりエラーが出るのを防ぐことができるので、
長いことスキャンディスクをしていないのならしておいた方が良いです。
(まずエラーでとまるようなことはないのですが、念のためです)

一度に全部のやり方は知りません。
余裕があるのなら、上記のことが終わってから、
レジストリの整理もしておくと良いと思います。