<%=css%>を，article.cssなどに置き換える仕様になってるみたいですので，
<style>タグを記述する必要があったりなかったりしますね．
スキン中の<style>タグ内に<%=css%>を記述すれば，article.cssなどに
<style>タグを記述する必要は無くなりますし（むしろ書いちゃ駄目）．

もともと，スキンを変更することなく見栄えを変えるためのものだと思います．
スキンが導入される前からの仕様じゃないでしょうか．
仕様を変えてしまうと，昔から使っていたものを使えなくなってしまいますので，
難しいところだと思います．

しぃスキンなんかは，
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/shi.css">
としてインポートしてます．
この際は，<%=css%>の行は削除した方が無難です(と510さんに指摘されました)．