晒しちゃって申し訳ないんですが、
>>476さんの書き込みのように右のほうに>>nがあると、
画面の大きさによってはレスポップアップが
画面の右端にはみ出してしまい横スクロールバーが出て、
N6だとポップアップ補正しても下端が見切れてしまいます。

そこで、ポップアップを閉じるときに(0,0)に移動してごまかしました。
横スクロールバーがでる場面が減って多少はマシになります。
IEやN4ではこの問題はありませんでした。
N6でのポップアップ補正の方法も少し見直してみます。
とりあえず>>486に対してこの問題を修正したskinをｳﾌﾟしました。
ttp://users.hoops.ne.jp/moz2ch/j2ch/externjs4.zip