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倍音の問題があります。普通「ド」の音だと思っているものは、実は
その上の「ソ、ド、ミ、ソ、シ♭、ド・・・」といった成分を数限りなく
含んでいるものです。
機械に任せると、これらを大量に採譜してしまう恐れがありますが、
人間の耳は基音だけをほぼ正確に抽出可能です。
倍音なのか、和音を構成する1音なのか、を機械的に判断するのは困難です。

機械が正確に採譜できるのは、単音かつ、倍音の極めて少ない
（正弦波に近い）メロディだけでしょう。