これなら、常駐をころして安全にアップデートできる

ファイル名を指定して実行で
msconfig
システム構成ユーティリティーで「診断スタートアップ」を選び再起動
5.3.1にアップデートする

終了後「再起動しますか？」でNO
ファイル名を指定して実行で
msconfig
システム構成ユーティリティーで「通常スタートアップ」に戻し再起動


5.0xをインストールした時に、インストールパスを独自に変更していたり
(ドライブレターのみはOK)
Admin権限で実行してなかったり
ユーザー名が日本語でTEMPパスに↓日本語がはいってるようなヒトは例外
C:\Documents and Settings\ユーザー名\Local Settings\Temp

つーかガイシュツ