559のソースを http://www.nakka.com/lib/ にあるiniファイル関数に置き換えて計測してみた。

#include <windows.h>
#include <stdio.h>
#include <mmsystem.h>
#include "Profile.h"

#pragma comment(lib, "winmm.lib")

int main()
{
char key[256], buf[256];
DWORD t = timeGetTime();
Profile_Initialize("c:\\test.ini", TRUE);
for (int i = 0; i < 1000; i++) {
sprintf(key, "%d", i);
sprintf(buf, "%020d", i);
Profile_WriteString("0", key, buf, "c:\\test.ini");
}
Profile_Flush("c:\\test.ini");
Profile_Free();
printf("%dms\n", timeGetTime() - t);
}

WritePrivateProfileString
5818ms
5487ms
5517ms

Profile_WriteString
180ms
190ms
180ms

他にiniファイルをアクセスする代替ライブラリあれば計測きぼん