俺も参加。
テスト用コード書いてやってみた。[Win98SE、Pen2 333MHz]
それぞれ 10000回データを読み出して timeGetTimeで時間計測。
数字は int型の数字、文字は 11バイトの文字列。
平均を取った大体の所要時間は...

□INI（win.ini[約11kB] の最後のほうのデータを読む）
　数字：約3600ms
文字列：約3150ms

□レジストリ(HKCU\software\testというキーの下に値を作成)
　数字：約60ms
文字列：約60ms