INIファイルを使うのはかまわないが、
インストール後も変更がある場合は、プログラムと同じディレクトリや、
systemRoot(c:\windows , c:\winnt)に入れるのはやめてほしい

systemrootも、program filesも、adminのみ変更可にして、一般ユーザーは
読み取りと実行のみ許可してるから、行儀の悪いアプリがあると、NTFSのACLを
いじらないといけなくなるからめんどくさい