マルチユーザー環境だとレジストリが有利っつーのはウソでしょ。
例えば１ユーザーで複数アカウントを切り替えて使ってる場合
（普段用と管理用…等）レジストリよりINIの方が有利。

個人的には>>33,34のような方法でマルチユーザに対応しつつ、
コマンドライン等から別のINIを適用可、ってのがマンセー。
自分が知ってる範囲内では、WWWC、Irvine、xyzzy、limechat等が
この方式。
あとFFFTP等のini／レジストリ切り替え式も良いかも。

ちなみに64k、書換、バイナリデータ対策は、iniに拘らなければ
即解決。