でかいソフトやレジストリを必ず弄るソフト(関連付けとか)でインストーラ付きのソフトならともかく
ツールと呼ばれる程度のソフトでインストールされたフォルダ以外に
設定とかデータを残しては欲しくないな。

マルチユーザの場合はマルチインストール。これ最強。