.ini ファイルだと、ドキュソなユーザがメモ帳で勝手に編集しちゃうし、
第一、ユーザごとに設定を分けられない。

レジストリだと、無理に編集するにはレジストリエディタを使わざるを得なくなり、
そういうドキュソユーザに対して、かなりハードルになる。
それに HKCU 使えば、簡単にユーザごとに設定を分けられる。

さらに文字列じゃなくても、たとえば DWORD 値を直接読み書きできるので、
.ini ファイルの記述をチェックしなくていい。

ファイルだと、ディレクトリごと消されたり、勝手に移動されたりするけど、
レジストリだと、そんなバカなユーザからかなり守れる。
いわゆる「フールセーフ」ってことかな。