当たり前だけどレジストリは登録するもんであって
iniは初期化するもんであって
どちらもアプリケーションのデータを置くものじゃないのね。
つーか、Application Dataに置くのが正解。
C#のIDEで有名なSharpDeveropとかIrvineはそうしてる。

あとAPIぶんどりの話が出てたけどAPIって本来の目的と外れた場所で
使われてることもあるから全然関係無いのがまともに動かなくなったりするよ。
たとえば.url(ｲﾝﾀｰﾈｯﾄｼｮｰﾄｶｯﾄ)とか。