起動時にiniをサーチする順番
　(1)コマンド指定フォルダ
　(2)プライベートフォルダ(c:\document and settings\... 等)
　(3)本体と同じフォルダ
設定変更時／終了時の書き込み先優先順
　(1)コマンド指定フォルダ（指定されている場合）
　(2)起動時と同じフォルダ（←ミソ）
　(3)プライベートフォルダ（user名が取得できた時のみ）
　(4)本体と同じフォルダ（書き込み可能な場合）
としとけばいいんじゃねーノ？
んで、
・ユーザー毎に設定を分けたい場合は、プライベートフォルダに
　iniを個別に作っておく。(win2kならdefault userを使うとラク)
　あるいはショートカットのコマンド指定で振り分け。
　（これも環境変数%user%を使えばラク）
・シングルユーザで使うorマルチユーザ環境で設定を共有したい場合は
　コマンド指定or本体と同じフォルダにiniを置く。
とすりゃいい。

あと以下は必須じゃないが
・レジストリや環境設定によるフォルダ指定機能
・ツールやプロパティでiniを移動する機能
・本体フォルダに書き込めない場合の次候補（temp等）
なんかも用意しとくと完璧だと思われ。