どちらかしか使わないなんてケチ臭いこと言わないで、
system wide settingはexeと同じフォルダに置くiniファイルに記録
%APPDATA%以下にiniがあれば、その情報で上書き
みたいにすればいいんじゃない?
iniを保存する時はデフォルトでは%APPDATA%に保存しようとするけど
exeと同じフォルダを指定もできるようにする。
%APPDATA%に入れる時はexeと同じフォルダにあるiniファイルとの差分
のみ保存してくれた方がメンテナンスしやすいかも。