レジストリって嫌われるよね。
だけどどこに書き込まれてるかちゃんと README に書いてあれば
おれは悪くないと思う。そういう情報があれば移行の手段もあるし、
何よりも早いじゃない。
危険というなら、初心者がシステムディレクトリ開くのだって危険。
肥大化は scanreg で対応。

ini を使ってても IrfanView や Dibas（どっちも好きなソフトだけど）
みたいに、Windows ディレクトリに作っちゃうのはどうかと思う。