AMBERとNAMDについて知ってる奴ら集合！
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0001名無しさん＠３周年
NGNGAMBER使ってたんですけどNAMDに変えようかと思いまして．
分子構造の引っ張りや圧縮ならNAMDって聞いたんですが・・・・
0002名無しさん＠３周年
NGNG第一原理計算でないと全部リジェクトだ。
0003名無しさん＠３周年
NGNG0004名無しさん＠３周年
NGNG0005名無しさん＠３周年
NGNG0006名無しさん＠３周年
NGNG0007名無しさん＠３周年
NGNG0008名無しさん＠３周年
NGNGＮＡＭＤ→http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
ＡＭＢＥＲ→http://amber.scripps.edu/
0009名無しさん＠３周年
NGNG0010名無しさん＠３周年
NGNG0011名無しさん＠３周年
NGNG0012名無しさん＠３周年
NGNGMD計算すると… くぁｗせｄｒｆｔｇｙふじこｌｐ；
00131
NGNG0014名無しさん＠３周年
NGNG, ‐‐‐､ , ---､ _
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ﾉ -､ ヽ ノ r=ゝｒ=､ ｀ヽ
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（ﾊ | ｒ-- ､ ）ﾉ! ｢ （ﾊﾉ| r ==､ __ ヽ｝ ノ
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ひ み
0015名無しさん＠３周年
NGNG,､ｰ--‐ ‐--､
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「 , /-ﾊ ､ } ヽ __ { T＞ｒ‐‐､;;{ ヽ、
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/ `ゝへ r'＝=:ｌ
つ
0016名無しさん＠３周年
NGNG最近はこのGROMACSというソフトがトレンドらしい？？
0017 ◆SP1RWrm9VI
NGNG0018名無しさん＠３周年
NGNGきっちりベンチを取ってないけど、1CPUで計算した時でも速い時があった。
0019名無しさん＠３周年
NGNGPMEではスケーリングしますでせうか？
0020名無しさん＠３周年
NGNG何ＣＰＵぐらいがいいかな？
どこのがいいとかある？
0021名無しさん＠３周年
NGNG0022山.崎 渉
05/02/22 20:15:17━―━―━―━―━―━―━―━―━[JR山崎駅（＾＾）]━―━―━―━―━―━―━―━―━―
∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ ( ＾＾ ） ＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣〕
＝ ◎――◎ 山崎渉
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|（ ＾＾ ）| ＜寝るぽ（＾＾）
|＼⌒⌒⌒＼
＼ |⌒⌒⌒~| 山崎渉
~￣￣￣￣
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（ ＾＾ ）＜ ぬるぽ（＾＾）
(⌒V⌒)
│ ＾ ＾ │＜これからも僕を応援して下さいね（＾＾）。
⊂| |つ
（＿）（＿） 山崎パン
∧＿∧ ∧＿∧
ﾋﾟｭ.ｰ （ ・３・） ( ＾＾ ） ＜これからも僕たちを応援して下さいね（＾＾）。
＝〔~∪￣￣￣∪￣￣〕
＝ ◎――――――◎ 山崎渉&ぼるじょあ
0023名無しさん＠３周年
2005/03/30(水) 22:22:28AMBERはまだreplicated data?
0024名無しさん＠３周年
2005/06/22(水) 21:09:02┃┌╋──╋┐┃
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同じｽﾚにはｺﾋﾟﾍﾟ ┌╋┐ ┌╋┐
できるけど、違う ┃└╋╋━━╋╋┘┃
ｽﾚにはｺﾋﾟﾍﾟでき ┃ ┃┃ ┃┃ ┃
ない不思議ｺﾋﾟﾍﾟ ┃ ┃┃ ┃┃ ┃
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0025名無しさん＠３周年
2005/07/05(火) 17:00:20ttp://www.chpc.utah.edu/~cheatham/cornell_prm
に載ってる二面角のパラメータでX-CA-CA-Xみたいなのがありますけども
X-CA-OS-Xっていうのは存在しないのですか？
他にも別な組み合わせのを探しているんですけど詳しく載っているwebページ
や論文ってありますか？
0026名無しさん＠３周年
2005/07/07(木) 20:40:14オドロキ
0027名無しさん＠５周年
2006/10/25(水) 00:50:010028バネ足ジョップリン
2007/06/15(金) 18:24:480029名無しさん＠５周年
2008/06/11(水) 22:54:37■ このスレッドは過去ログ倉庫に格納されています