クレカでも、返金の手続きをするのは決済をした楽天ブックスだよ。
クレカ会社が払うのは、詐欺などの被害にあったときの補償だから、
客と店の問題には関知してくれない。

返金はクレカの履歴に反映されるまで結構時間がかかるので、
楽天ブックスに返金処理をしたかどうか電話をして確認するといい。
俺の経験では店が返金処理をしてから１ヶ月くらいだったかな。