自動更新の件、レジストリが原因か?
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Microsoft Antimalware\Signature Updates
にある

SignatureUpdateInterval　これが通常の定義の更新間隔
ISUInterval　いつのまにかこんなキーができていた　しかも値が「2」で、2時間間隔の更新との関係が疑われる

の2つのキーの値を「0」にして再起動したんだが、MSEを立ち上げて「更新」タブから定義を更新すると、
「ISUInterval」の値が「2」に戻っていた。これが原因じゃないかと思う。