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レジストリとsystem.iniは掃除した、win.iniには該当する項目がない、
本体のファイルは削除した、ということでOK？

とりあえず「ファイル名を指定して実行」にmsconfigって打ち込んでシステム設定ユーティリティを起動
「スタートアップ｣タブの中でコマンド欄のファイルパスがウイルスのファイルを指定しているものがあったらチェック解除
ついでにsystem.iniとwin.iniのタブもあるからもう一度確認