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【遺伝子】RNA二次構造を予測する最高精度のソフトウェアを開発

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0001 ◆NASA.emcN. ＠びらぼんρ ★

2008/12/21(日) 16:39:00ID:???

独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センターRNA情報
工学チーム光山統泰研究チーム長、木立尚孝産総研特別研究員、
みずほ情報総研株式会社浜田道昭、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
佐藤健吾研究員、国立大学法人東京大学浅井潔教授らによる共同
研究チームは、遺伝子の発現制御で重要な役割をしているRNAの二次構造を
予測するソフトウェア「CentroidFold」を開発した。

RNAは遺伝子DNAからタンパク質が合成される際の中継ぎとしての役割が
古くから知られているが、近年そのような役割をしないRNAが遺伝子の
発現制御や細胞のガン化などで重要な役割を果たしていることが分かってきた。

このようなRNAを機能性RNAというが、機能を発現するには長い1本鎖である
RNA分子が部分的に2本鎖を形成して二次構造と呼ばれる特異的な構造をつくる。

今回、開発したRNA二次構造予測手法は予測精度の期待値が最大になる
ことを理論的に証明し、ベンチマークテストでも世界最高の精度で二次構造を
予測できることを実証した。今後、機能性RNAの発見や、機能解明に貢献する
ことが期待される。「CentroidFold」はフリーソフトウェアとして無償で提供される。

なお、本研究は、近くイギリスの論文誌Bioinformatics誌に掲載される予定。

（長文の為抜粋しました。詳細は以下のソースをご覧下さい）
ソース：http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2008/pr20081218/pr20081218.html
画像：http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2008/pr20081218/fig1.png

【参考】
■ncRNA.org
http://www.ncrna.org/

0002名無しのひみつ

2008/12/21(日) 16:41:12ID:0HaCIbIr

あはは何のことかまるきりわからんｗ

0003名無しのひみつ

2008/12/21(日) 16:46:02ID:VU8jdL5k

おれも同じことを考えていたよ。

0004名無しのひみつ

2008/12/21(日) 16:53:17ID:3oLRg84a

一本の針金を曲げてヘアピンの形にして家の鍵を開けるのにも予測が必要だよな？

0005名無しのひみつ

2008/12/21(日) 17:08:30ID:yduWokjW

派遣にはこういう仕事は無理だな～

0006名無しのひみつ

2008/12/21(日) 17:33:01ID:DuPHYehr

つまり、野球は中継ぎが重要ってことか。
このソフトでノックアウトされるのを予測できるようになったわけだ。

0007名無しのひみつ

2008/12/21(日) 17:35:36ID:lep4RRg3

二次構造というのは一本の話なのかそれとも二本必要なのか？

0008名無しのひみつ

2008/12/21(日) 17:47:52ID:3LZqyfSY

mfoldよりもつおいの?

0009名無しのひみつ

2008/12/21(日) 17:58:56ID:sb3GzPJe

CentroidFoldを使ってRNA構造を予測しろと言うことか！！高校で生物取らなかったので中学レベルの生物知識だとそうなる

0010名無しのひみつ

2008/12/21(日) 18:36:49ID:1mCNPFCh

ソフトウェアの開発そのものは原著論文にはならない。
ソフトウェアに盛り込まれた原理やアルゴリズムなどが
新しくて重要なものであれば論文になるけど。
この記事には、何がこの研究の核であるかが全く記されていないので、
議論の対象にできない。ただの広告。

0011名無しのひみつ

2008/12/21(日) 18:53:35ID:fFkBidOs

これで効率良くsiRNAを合成でき、knock downの効率が高まる訳だな？

ってことはxxxの株が上昇する可能性がある。

明日、打診買いだな。

0012名無しのひみつ

2008/12/21(日) 19:13:26ID:g0NPdI4h

>>10
ソース読んでも研究の核がわからないなら
単なるにわか乙

年末はこういうクズが増える気がするなぁ

0013名無しのひみつ

2008/12/21(日) 20:05:01ID:NknH66XL

>>11
RNAじゃないがPCRプライマーがヘアピン構造を作る可能性がないかの確認にも応用できるかもな。

0014名無しのひみつ

2008/12/21(日) 20:27:35ID:UQYi477e

Ribozymeでも作るのに使うわけか？

まあ生体内において分解も早いし、材料もeasily availableだから
遺伝子治療でウイルス退治みたいのには使えるのかも知れん。

0015名無しのひみつ

2008/12/21(日) 20:47:08ID:MTjAh2jc

この二次構造が、どんな形だとどんな役割を持つって研究はもう進んでるの？

0016名無しのひみつ

2008/12/21(日) 21:57:25ID:3LZqyfSY

>>13
そんなのプライマー設計ソフトつかえ

0017名無しのひみつ

2008/12/21(日) 22:03:57ID:3nSfN2Q6

よくこんなダサいタイトルでプレスリリース出せるな・・・

0018名無しのひみつ

2008/12/21(日) 22:07:44ID:pK2EqQuc

どんくらいの計算機が必要なの？？

0019名無しのひみつ

2008/12/21(日) 22:14:41ID:f4KVHGb6

また産総研か

0020名無しさん＠お腹いっぱい。

2008/12/21(日) 23:15:50ID:npK9qm9v

産総研と理研ってどうちがって
どっちが格上なん

0021名無しのひみつ

2008/12/21(日) 23:39:05ID:UQYi477e

利権は戦前にコンツェルン作ってたくらいの老舗だなあ。
わかめとかリコー、科研も源流は同じだろ？

産総研は10年くらい前まではそこらの公立の工業試験場と変わりなかったから。
昼間から新聞広げてる人ばっかりだったと聞いた。
改革で目玉研究員入れたのは最近の話だ。

0022名無しのひみつ

2008/12/22(月) 02:49:32ID:eiv/U5/g

そだね
ゆえにどちらの方がしがらみが多いかは自明だな

にしてもこのニュースは・・・RNAだから出来たってコトなんだろうな
蛋白質はいろいろ面倒そうだし

0023名無しのひみつ

2008/12/22(月) 03:10:02ID:IwdkHS/h

Bioinformatics誌に載った程度の成果でプレスリリースを出す厚かましさがすばらしいね

0024名無しのひみつ

2008/12/22(月) 03:19:42ID:fLO7A4vP

片っ端からＳ１アッセイでもしたほうが早くね？

0025名無しのひみつ

2008/12/23(火) 00:18:30ID:fdz3G/y5

>>12
どんなアイデアで最高精度を達成したのか記事に書かないと、
研究紹介にならないんだよ。

おまえはどうせロクにまともな論文も書けないんだろ。
クズは黙ってろ。

0026名無しのひみつ

2008/12/23(火) 16:30:48ID:rLedNk4n

>>23 必死なんだから生暖かく見守ってあげましょう。

0027名無しのひみつ

2008/12/24(水) 13:37:49ID:Om1uLMoE

RNAって環状で壊れやすいんじゃなかったっけ？
そんなもん予想してもすぐ形が変わ(ry

0028名無しのひみつ

2008/12/24(水) 23:32:00ID:NqrSSRnU

タンパク質って鎖状で壊れやすいんじゃなかったっけ？
そんなもん予想してもすぐ形が変わ(ry

0029モテ神小林

2009/01/18(日) 04:11:58ID:dwxoPG3i

27

出来れば時間経過での構造変化も予測もできたらHAPPY HAPPY だな

てかできてほしいな

あとこれは外系の種類対応とかできんのかな？生体系ではタンパク質やらカチオンやらかなり混雑してるからな･･･

多分無理かな仮にできるようならスパコンがいるな

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