互換インク使ってても修理は可能。
ttp://cweb.canon.jp/pixus/supply/genuine/index.html
＞キヤノン製以外のインクカートリッジのご使用に起因する
不具合への対応については、保守契約期間内または保証期間内であっても
有償となります。

使っているかいないかではなく「（社外品に）起因する不具合」だから
異音の原因が社外品と関係無ければ修理は無料。