マンガミーヤで読めないってAcrobatで再出力でもしてんの？
ミーヤで読みたいならjpgzipにするかPDF1.4で出力できるフリーソフト使えばいいんでね？
それかミーヤのPDFプラグインをaxpdf.spiあたりにでも差し替えるか

カラー画像は自分はフラベで別撮り手動補正して合わせているが
別撮りしたものを差し込むだけでもめちゃくちゃ言うほど手間に感じるなら
紙焼けは諦めてカラーでとるしかないね
そしたら上の問題も気にしなくていいし