>>512
保存先のフォルダ指定で、そのようなUSBメモリ（ドライブ）を指定すれば
可能かと思いますが。以下のリンクでガイドなどが読めるので、ご参考までに。
http://scansnap.fujitsu.com/downloads/jp/jscan/manual/p3pc-4962-02z2.pdf

ただ、スキャナを接続しているPCのHDD (SSDでも）に一端保存しておいて、
その後、外部ストアレジ（USBメモリや外付けHDD、Dropboxなど）に
コピーした方が、安全だと思いますが。スキャンの努力を一瞬で失ってしまう
可能性もあります。特にUSBで接続されているデバイスに「のみ」最初に保存
するのはいかがなものかと？
スキャンを行うPCが共用のもので、それでスキャンした「機密性の高い文書」を
それに残したくない（後に削除するとしても）、という理由があれば別ですが。