ScanSnap Organizerは使ってないから知らないけど、iX500のScanSnap Managerのヘルプには
> ヒント
> ScanSnap 設定画面は、ScanSnap Organizer からも表示できます。
> 詳細は ScanSnap Organizer のヘルプを参照してください。
とあるから出来るんじゃないの。
shift + ctrl + スペースで起動してもいいだろうし。