うん、嫌味を書き込むぐらいなら答えてやれば１レスで済むのにとは思ったが
質問者がそれを言ってはおしまいだ。

それはそうとオーガナイザーから本体の設定メニューが開けるようになってないのは
不親切だなと思ったりして。

会社でオーガナイザーにちょっと似た感じのDocuWorksというソフトを使ってるんだが
それはサムネイルをドラッグ＆ドロップで1冊に結合できたりするし
アプリ側からスキャナの取り込み設定を変更したりできるので
どうしてもそれと比べてしまって使いづらさを感じてしまう。