人それぞれだし正解なんてないから好きにやろうぜ

画質重視なら全部エクセレント・カラー・圧縮率1・オプションなしでスキャンして
一枚一枚縦線チェックして画像加工ソフトで編集とかだろうけど
これだと200冊でも相当時間掛かるはず