２千冊強の漫画と１千冊弱の一般書籍（主に文庫）の自炊作業が控えている私にとっては、
ScanSnap読み取り後の編集作業が楽で、なおかつファイル管理も煩雑にならないことが重要。
と言うことで、PDF派に一票です。