OCR とかで画像以外のメタデータが必要となる場合以外で、
わざわざ複雑なフォーマットである PDF を使うメリットの方が分からないな。

ページの差し替えやらが面倒というのは、フォーマットじゃなくて
単純にツールのインターフェースの問題でしょ。