いろいろやってみました。

a「原稿の向きを自動的に回転」
b「原稿を上向きにセット」

aをチェックしていても、正しい方向（頭が下）で読み取れば、
上下が逆さまのページは殆ど出ず、
aとbをチェックして頭上で読ませてもエラーは出ない。
つまり、aだけチェックして頭上で原稿入れたときだけ
判断ミスが出やすいって感じ。

但し、bを選ぶと原稿のページ順が逆転するので要注意。