clear scan これやるなら事前の相談しているようなこだわりは無し
要は文庫本をOCRにかけたいのかな?
白黒よりはグレースケール取り込みが良いと思うが手間かけたくないなら白黒でいいんじゃないか
単行本ならグレーでやるかカラーでやるかは好み