Acrobatは勝手に加工するから使ってない

jpgでスキャンして好きなように補正したあと
画像梱包でpdf化するなりzip化

あるいはChainLPでお手軽に補正＋pdf化zip化

ChainLP
http://no722.cocolog-nifty.com/blog/chainlp/index.html

画像梱包
http://www.vector.co.jp/soft/win95/writing/se377893.html

OCRのテキスト付けたいときはその後Acrobatにかけてる