自分は4コマ漫画が好きなので、
まんがタイム系列誌を全部買って毎号スキャンしてるけど、
インクの汚れとかはあんまり気にならないよ。

一般書籍に比べると気になるのはやっぱり、ほこり。
これはもう紙質が悪いから仕方が無い。
まあ週刊少年漫画誌（ジャンプとか）に比べたら全然ましだけど。

あと、中綴じの雑誌は裁断にコツがいるかも。
自分は真ん中のページを開いて、逆折りにし、ストレートな状態にしてから、
針金を立てて、カッティングマットの上に伏せて（表紙が上になるように）置いて、
紙がずれないように上からグイっと押さえつけながら針金を外して、
外れたらすぐに中心に金さしを当ててカッターでスパっと一刀両断してる。

SSにセットするときは、中綴じ誌の紙は中心のページに行くほど紙のサイズが小さくなるので、
一気に20枚とかセットはしない。5枚程度セットしてる。

こんな感じでやってるけど、だいたい1冊当たりなれれば10分もかからないよ。