DR-C125を使ったことないけど、ScansnapはCanonのCISのフラベと比べて、
初期状態で何もしなくても色が結構正確に出た。

しかしScansnapはJPEG出力しかできない（PDFも内部的には同じ）ので、
画質優先で保存しても一次データの時点でノイズがかなり目立つ。
その点DR-C125はBMPで保存できるようなので有利かもね。

というわけで一長一短なので好きな方を買えばいい。
どうせドキュメントスキャナなんだから、
どっちを買っても完全に満足することなんかできないんだし。