オレ流
・ファインあるいは自動で、くっきりなどのオプションはすべてオフ。
・カラーモードは気にしない。ページ毎に色が違っていても無問題。
・ラーメン食いながら読んだ時のシミとかも、気にせずそのまま。
・pdfで読み込んで、Acrobatで見開き方向だけ設定したら、そのままiPadに放り込む。

どうせ趣味だし、自分の蔵書だし、ということで割り切ってこんな感じ。
これでスキャンしたNewton(A4)が、新iPadで見開きで読めたのには、完動した。