「とにかく高解像度で」というのには、ちょっと異論があります。
ほとんどの出版物は 350 dpi で製作されているので、300〜600 dpi程度で取り込めば、
ほぼ情報を失わずに保存することが出来るはずです。1000 dpi 以上の解像度で取り込むと、
カラー印刷の網点や漫画のハーフトーンスクリーンまで潰さずに記録できますが、そもそも
その網点やハーフトーンというのは階調表現の出来ない“インク”で階調を出すための手法で、
階調表現可能なディスプレイにとっては必ずしも必要な情報ではありません。
また、写真の画像が多少劣化してもかまわないのであれば、150 dpi でも十分、実用的です。
もっとも、「いつでもダウンサイジングは可能だから」という考えで、とりあえず高解像度で
取り込んでおくというのも、決して反対するわけではないわけで．．．
こういったことを踏まえて、読み込み解像度を決めたらどうでしょうか。