ひっくり返すのは1枚2枚ならいいけど
多くなってくると自分でやったかどうかわからなくなるので
片方ずつスキャン
pdfではなくjpegで保存
そのあと逆でリネームすればいい

リネームはリネームソフトで
名前付けるときに画像1.2.3　　裏画像1.2.3
表はリネームで1個飛ばしで1.3.5（奇数）　裏は番号逆に並び替え順に2.4.6（偶数）でやればOK
※Flexible Renamerで連番つけるプリセットから高度なリネームに切り替えるとプリセットで1こ飛ばし（奇数/偶数）連番打てます