レスありがとうございました。
>>183
そうですかぁ。確かにorganizerでかけたものでも、1.3と1.6が混在してしまうんです。
acrobatで何かの操作をしたかどうかは関係がないようなのです。

>>184
そうなんです。プロパティを見ると確かに4.0と7.0になっているんです。

acrobatで回転やプロパティの開き方などの変更などいろいろな操作を想定して
確かめたんですが、どうしてもイレギュラーにバージョンが混在するように思えるんです。

何かまだ見落としてる物があるのでしょうか？