HDDは動いた時間で故障するかが決まるから、
バックアップする時だけスイッチいれると、滅多なことでは壊れない。
通常使用のHDDの故障率 × たまに起動させるHDDの故障率
同時に故障することは、まずない確率だと思う。

だが、ここで心配なのは落雷と、火災。
これは、たまにHDDを実家にでも送っておくぐらいしかないかな。