例の「自炊の森」では基本はjpeg出力で、変換ソフト使ってPDFにするそうです。
ttp://www.jisuinomori.com/index.php?page=faq2

最初からPDFで生成させた場合に比べて、画質が悪くならないか気になるのですが
どうでしょうか？