両面で取り込むと、偶数(奇数?)ページが反転すると聞きました。
pdfのままならアクロバットリーダーで偶数(奇数?)の画像を回転
させることができるようですが、画像自体を修正しているわけではなく、
jpgに落とすと反転したままのようです。

みなさんは両面で取り込んだ画像をツールか何かで一括反転させている
のでしょうか?