221さん御返答ありがとうございます。
いろいろと試したところ、紙質はあまり関係ないと思います。
又、暗いところでスキャンするのも既に試したのですが、関係ありませんでした。
PFUのサポートセンターにメールで問い合わせたところ、

「ScanSnapの様な原稿を移動させ読取るADFスキャナでは、原稿搬送中の
微小な上下動や原稿のしわ・変形による画像のゆがみが横方向のスジや
色ズレとなって現れる場合がございます。

本現象による画像ゆがみ(色ズレ)が
発生しているものと思われます。原稿種類（厚さ、スキ方向）や原稿の
搬送方向（縦送り、横送り）の状態によっては、画像ゆがみが目立つこと
が考えられますが、ADFスキャナの特性になりますことを何卒ご理解の上
ご使用くださいますようお願いいたします。」

とのことでした。
ただ、上記の理由で色ズレが発生するなら、黒文字以外でも発生するのでは？
と思い、他の所持している方も同じようになるのかな？と思った次第です。
現状、同じラインに黒色以外のカラーを含む場合、カラー部は何も起こらず
黒色部分のみ発生します。