書類が100ページあるとして、
→jpegないしtiffにて奇数ページ連続スキャン　(001.jpg 002jpg 003jpg.......050.jpg.)
→書類をひっくり返し、保存するフォルダを変えて偶数ページ連続スキャン (001.jpg 002jpg 003jpg.......050.jpg.)
→リネームソフトの一括変換で偶数ページを逆順連番リネーム＋末尾に文字追加　(050b.jpg 049bjpg 048bjpg........)
→同一フォルダに全画像を移動　(001.jpg 001b.jpg 002jpg 002b.jpg 003jpg 003b.jpg........と並ぶはず)
→Scan2PDFなどフリーソフトで上記連番ファイルをマルチページPDF化

という手順で出来ると思う。やや面倒だけどADFを使わないよりかはマシです。
あとはフリーでacrobatと同等のソフトを探すか、Brotherにソフトの改良をお願いするか、しかないと思う。