>>842さん
833です。自分は下記でやっていてファイルサイズとか見た目とかからは劣化
してないように思います。見た目は人によるのかもしれませんが。

1.単行本1冊(200p前後の場合)、2分割して取り込みます。
2.jpegでハードウェア圧縮をするにして6を指定します。
3.保存フォルダを作成して、保存場所に指定します。連番は３桁表示で１
　からにしています。
4.スキャンの設定は300 or 400dpiで基本的にグレースケールです。
　(カラーも一旦グレースケールで取り込んで別途まとめてカラーで取り込む)
5.２分割しているので、最初がなくなったらそのまま継続で取り込む
6.途中で読み込みミスがあってとめざるをえない場合は、2ページ(1枚)分
　重なるようにして再開、上書きしますかと聞かれるのでyesで継続。

　６の場合のように上書きして継続しても特に劣化しているようには見え
ません。グレースケールだからかもしれませんが。